Hiện nay, diện tích nuôi tôm toàn tỉnh đạt hơn 43.000ha, mỗi năm cần khoảng 5 tỷ con tôm giống chứng tỏ Bến Tre là thị trường khá rộng cho nghề sản xuất tôm giống phát triển. Tuy nhiên, các cơ sở sản xuất tôm giống trong tỉnh hiện chỉ mới đáp ứng khoảng 20% nhu cầu.
Để đáp ứng nhu cầu về con giống, UBND tỉnh đã thành lập Dự án xây dựng quy hoạch khu vực sản xuất tôm giống tập trung với diện tích 20ha tại xã Thới Thuận (Bình Đại), đầu tư về cơ sở hạ tầng, cho thuê đất với giá ưu đãi, hỗ trợ vay vốn ngân hàng cho cơ sở để đầu tư phát triển. Mặt khác, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Bến Tre thường xuyên tổ chức các lớp tập huấn về kỹ thuật nuôi, các lớp kiểm soát về dịch bệnh, môi trường, tổ chức các đợt học tập kinh nghiệm sản xuất giống của các tỉnh có thế mạnh để nâng cao chất lượng đội ngũ kỹ thuật sản xuất giống của tỉnh.
Toàn tỉnh hiện có 53 trại sản xuất giống đang hoạt động, trong đó huyện Bình Đại 19 trại, huyện Ba Tri 17 trại và huyện Thạnh Phú 17 trại. Công tác quản lý hoạt động của các trại sản xuất giống trên địa bàn tỉnh được tổ chức thực hiện khá chặt chẽ từ khâu giám sát, lấy mẫu xét nghiệm các bệnh nguy hiểm đến khâu kiểm dịch đã được người nuôi trong và ngoài tỉnh đánh giá cao, góp phần tạo uy tín cho chất lượng tôm giống của Bến Tre. Đến nay, tôm giống Bến Tre đã chinh phục được thị trường các tỉnh như: Trà Vinh, Tiền Giang, Vĩnh Long, Sóc Trăng, Bạc Liêu…
Bên cạnh các lợi thế đã nêu, hoạt động sản xuất tôm giống của Bến Tre cũng còn một số hạn chế. Trong số 53 trại sản xuất tôm giống, chỉ có 5 trại đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng tôm thẻ chân trắng, trong khi nhu cầu giống tôm thẻ chân trắng hàng năm cần trên dưới 3 tỷ con. Đa số các trại sản xuất được xây dựng từ lâu, hiện đã cũ, không có sự cải tiến đáng kể để thích ứng với sự phát triển ngày càng cao của nghề nuôi tôm thương phẩm. Quy mô sản xuất còn nhỏ lẻ, manh mún, vốn đầu tư thấp, lượng giống sản xuất được chủ yếu chỉ cung cấp cho nuôi quảng canh, tôm rừng, không đủ số lượng cung cấp cho nghề nuôi tôm thâm canh, bán thâm canh.
Tôm sú bố mẹ chủ yếu khai thác từ tự nhiên, khó kiểm soát chất lượng. Đa số tôm bố mẹ khai thác không qua kiểm dịch, không xét nghiệm các bệnh nguy hiểm. Riêng đối với các trại sản xuất tôm thẻ chân trắng giống, hầu hết chưa thực hiện cho đẻ tại chỗ mà nhập nauplius về ương thuần do nguồn tôm bố mẹ phải nhập từ nước ngoài, nên khó kiểm soát được chất lượng tôm bố mẹ. Mặt khác, nguồn cung cấp nauplius cũng không ổn định, thường xuyên thiếu nguồn nên không chủ động trong sản xuất.
Chất lượng nước dùng để sản xuất không đảm bảo do địa hình tỉnh Bến Tre nằm xa nguồn nước biển sạch, nên toàn bộ lượng nước biển phục vụ sản xuất đều phải mua từ các ghe chở nước gây ảnh hưởng đến hiệu quả của quá trình sản xuất như không chủ động được nguồn nước cấp, chi phí sản xuất tăng cao,...
Trong thời gian tới, để đẩy mạnh hoạt động sản xuất, nâng cao chất lượng tôm giống, các trại sản xuất giống cần tập trung đầu tư cơ sở vật chất, kỹ thuật theo đúng tiêu chuẩn; mạnh dạn loại bỏ hình thức sản xuất nhỏ lẻ, cùng liên doanh, liên kết với nhau đầu tư sản xuất tại các khu qui hoạch tập trung; quan tâm đến công tác tiếp thị, quảng bá thương hiệu đến tận các hộ nuôi trong và ngoài tỉnh.