Tiêu chí số 03 về thủy lợi trong xây dựng nông thôn mới là một tiêu chí khó thực hiện, bởi đầu tư kinh phí lớn, trong khi nguồn lực của huyện và tỉnh còn hạn hẹp. Để thực hiện tốt tiêu chí này, cần phải có kế hoạch dài lâu, phải có lộ trình cho từng năm, từng giai đoạn với phương châm “Nhà nước và nhân dân cùng làm”.
Mỏ Cày Nam được sông Hàm Luông và sông Cổ Chiên bao bọc cùng với hệ thống phụ lưu chằng chịt nên rất có lợi thế để phát triển kinh tế nông nghiệp. Mỏ Cày Nam đặc biệt quan tâm đầu tư, nâng cấp các công trình thủy lợi trên địa bàn và các công trình này đã mang lại hiệu quả thiết thực, cơ bản đáp ứng được nhu cầu sản xuất và dân sinh. Minh Đức là xã nằm ven sông Hàm Luông. Bên cạnh những lợi thế do tự nhiên mang lại trong hoạt động sản xuất nông nghiệp, những tác động từ vị trí “đặc biệt” ấy cũng gây ra tình trạng ngập úng và xâm nhập mặn. Cống Tân Hương được hoàn thành vào năm 1997 đã góp phần “ngăn mặn, trữ ngọt”, bên cạnh đó, công tác chống ngập úng cũng được quan tâm. Khởi công từ đầu năm 2012, công trình đê bao bắt đầu từ cống Tân Hương thuộc địa bàn ấp 9, xã Minh Đức đến đập Cái Bần, xã Thới Thạnh (Thạnh Phú), có chiều dài toàn tuyến gần 3km, chiều rộng mặt đê 2m, cao 2,5m, với tổng kinh phí đầu tư gần 3,1 tỷ đồng do Chương trình thích ứng và giảm nhẹ biến đổi khí hậu của Chính phủ Đan Mạch tài trợ. Vào ngày 21-12-2012 vừa qua, công trình hoàn thành và chính thức đưa vào sử dụng, góp phần chống lũ, ngập úng và xâm nhập mặn, bảo vệ mùa màng và tài sản của người dân trong mùa mưa, lũ; đáp ứng yêu cầu phát triển giao thông nông thôn, phục vụ thiết thực nhu cầu vận chuyển hàng hóa, nhất là hàng nông sản cho nhân dân trong vùng Dự án.
Ấp Thành Long (xã Thành Thới A) là địa bàn bốn bề sông nước vây quanh, trước đây đời sống nhân dân gặp không ít khó khăn vì tình trạng nước dâng cao, gây ngập úng khi có mưa lũ và triều cường. Mười năm trở lại đây, diện mạo Thành Long đã hoàn toàn đổi khác. Màu xanh của táo, bưởi, cacao và các loại hoa màu đã phủ kín diện tích ngập úng khi xưa. Có được những thành quả ấy là cả một quá trình lao động cật lực, đóng góp sức người sức của cùng Nhà nước hoàn thành hệ thống đê bao khép kín, giúp bà con an tâm sản xuất khi có mưa lũ hay triều cường dâng cao. Điểm nổi bật nhất trong việc xây dựng các công trình thủy lợi nơi đây là sự đồng thuận cao của người dân. Công trình thực hiện đến đâu, bà con khẩn trương bàn giao mặt bằng đến đó, tạo thuận lợi cho quá trình thi công. Khi công trình hoàn thành và đưa vào sử dụng, bên cạnh việc bảo quản và sử dụng tốt, hàng năm bà con đều thực hiện công tác tu bổ, nên hệ thống đê bao ngày một vững chắc và phát huy tác dụng, mang lại cuộc sống sung túc cho bà con. Dự án Cầu Cổ Chiên hoàn thành nối liền Bến Tre và Trà Vinh sẽ tạo động lực thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội. Khi đó, Thành Long thật sự hóa Rồng.
Mặc dù được bao bọc bởi 2 con sông lớn nhưng một số địa phương trên địa bàn huyện Mỏ Cày Nam lại thường xuyên thiếu nước vào mùa khô. Vì vậy, công tác thủy lợi nội đồng phục vụ sản xuất và chăn nuôi luôn được các cấp, các ngành xác định là nội dung chính của công tác thủy lợi mùa khô. Bên cạnh các công trình do tỉnh đầu tư, hàng năm, các địa phương trong huyện còn đẩy mạnh công tác nạo vét hệ thống kênh rạch thuộc địa bàn quản lý theo phương châm “Nhà nước và nhân dân cùng làm”. An Thạnh và Đa Phước Hội là 2 địa phương có ưu thế về diện tích và là vùng chuyên canh hoa màu của huyện; vấn đề đảm bảo nước cho sản xuất là một yếu tố mang tính chất quyết định cho những vụ mùa bội thu của bà con nông dân. Huyện đã tiến hành nạo vét tuyến kênh sườn trải dài qua vùng chuyên canh, với tổng kinh phí hơn 200 triệu đồng. Do được thi công bằng cơ giới nên chất lượng công trình được đảm bảo, khắc phục tình trạng thiếu nước, giúp bà con nông dân sản xuất hoa màu cung ứng cho dịp Tết Nguyên đán Quý Tỵ được thuận lợi hơn.
Thủy lợi là một tiêu chí quan trọng trong việc thực hiện các tiêu chí nông thôn mới, có vai trò thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội của huyện Mỏ Cày Nam. Vì vậy, huyện đang tập trung vận động xây dựng ngày một hoàn thiện, để sớm hoàn thành trong Chương trình xây dựng nông thôn mới huyện nhà.