Chợ Lách có 12.510ha đất nông nghiệp, trong đó diện tích cây ăn trái là 11.508ha, gồm nhiều loại cây ăn trái đặc sản, như: chôm chôm, bưởi da xanh, sầu riêng, măng cụt, bòn bon, cam, quýt. Sản lượng hàng năm khoảng 137.000 tấn trái.
Ngoài ra, huyện còn sản xuất hoa kiểng, 17 triệu cây giống và 5 triệu sản phẩm hoa kiểng/năm. Huyện luôn phát triển ổn định nghề cây trái, giống, hoa kiểng nhờ nhà vườn biết áp dụng thành công khoa học công nghệ vào sản xuất, từng bước chuyển giao nhiều loại cây trái ngon, giống mới hiệu quả cao.
Về sản xuất cây ăn trái, hầu hết nhà vườn áp dụng kỹ thuật nuôi gốc ghép trong túi nylon đen, ghép bằng mắt ghép xương và nuôi dưỡng trong nhà che mát, đã thay thế hoàn toàn kỹ thuật nhân giống truyền thống. Nhà vườn áp dụng thành tựu khoa học nhanh là nhờ có sẵn tay nghề, tạo ra lượng sản phẩm dồi dào, giá thành rẻ, chất lượng tốt hơn. Sản lượng cây giống tăng, từ khoảng dưới 1 triệu cây/năm nay tăng lên 20 triệu cây/năm. Giống cây ăn trái có chất lượng ngày càng cao, được các nhà khoa học tuyển chọn từ nhiều nguồn, như: sầu riêng cơm vàng hạt lép Chín Hóa, sầu riêng Ri6, sầu riêng mongthon, chôm chôm nhãn, chôm chôm roongrean, mận An Phước, nhãn xuồng cơm vàng, bòn bon Thái, bưởi da xanh, cam xoàn… các loại giống cây này đã thay thế các giống cây ăn trái kém chất lượng, năng suất thấp, cạnh tranh được với thị trường.
Về ứng dụng thành tựu khoa học công nghệ, người trồng chôm chôm đã khắc phục hiện tượng rụng trái, nhờ ứng dụng kết quả nghiên cứu do thiếu phấn hoa. Các nhà khoa học cũng tìm ra chất điều hòa sinh trưởng có tác dụng chuyển hoa chôm chôm cái thành hoa chôm chôm đực và tạo ra chế phẩm Ramale hỗ trợ đậu trái. Khi chôm chôm đậu trái, thì nhà vườn phải đối mặt với khó khăn là trúng mùa rớt giá. Từ đó, Chợ Lách lại một lần nữa nghiên cứu cho chôm chôm ra hoa trái vụ, rải vụ. Áp dụng rải vụ bằng cách tạo khô hạn trong mùa mưa với kỹ thuật phủ nylon trên mặt liếp để xử lý ra hoa. Đối với cây nhãn, nông dân xử lý ra hoa bằng cách khoanh vỏ. Tuy nhiên, nhãn tiêu da bò trồng trên đất thấp thường xử lý ra hoa không thành công, nên năm 2000 huyện đã nghiên cứu tìm ra nồng độ xử lý ra hoa bằng Potassium Chlorate với kỹ thuật tưới và phun. Cũng trên cây nhãn long không còn hiệu quả, nhà vườn chuyển sang ghép nhãn xuồng cơm vàng bằng kỹ thuật ghép trên gốc cây nhãn long đang cho trái ổn định. Một kỹ thuật mới nữa là rút ngắn thời gian trồng trọt: sầu riêng trồng chỉ 3 năm cho trái, măng cụt chỉ 6 năm, bòn bon 5 năm… So với trước đây là các loại cây này phải trồng 10 năm mới cho trái. Hiện nay, nhà vườn muốn thay đổi giống mới trên vườn cây cũ cũng không tốn nhiều thời gian, vì chỉ cần ghép mắc ghép lên thân cây cũ, thì chỉ sau một năm là có thể cho trái. Còn nếu muốn thay đổi giống cây trồng khác chủng loại thì chỉ cần trồng xen hợp lý sau đó cắt tỉa dần theo kiểu lấy ngắn nuôi dài. Và còn nhiều nghiên cứu ứng dụng khác, như: khắc phục hiện tượng sầu riêng sượng trái, chỉ cần tăng cường bón phân hữu cơ và hạn chế nước trong mùa mưa; cải thiện hệ thống tưới tiêu, sử dụng công cụ cắt tỉa, bao trái, thu hoạch…
Chợ Lách đang quan tâm đến chất lượng, an toàn và hiệu quả cây trái, hoa kiểng. Do đó, nhà vườn cần tăng cường phân hữu cơ, giảm phân thuốc hóa học, giảm ô nhiễm môi trường; cần tiếp tục nghiên cứu các qui trình thâm canh, xen canh hợp lý. Hiện nay, các nghiên cứu ứng dụng khoa học kỹ thuật ở Chợ Lách còn nhiều vấn đề thách thức, như: nghiên cứu khắc phục hiện tượng xì mủ, sượng trái trên cây măng cụt, sầu riêng; phòng trừ bệnh Phytophthora trên sầu riêng bằng biện pháp sinh học; sản xuất cây trái theo hướng chất lượng cao, an toàn, quản lý tốt dịch hại trên cây trồng. Đặc biệt là các nhà khoa học, nhà nông đang đồng hành, Nhà nước có chủ trương tốt, nhưng nhà doanh nghiệp chưa mạnh dạn tham gia.