Hàng năm, vào mùa khô, Bình Đại chịu ảnh hưởng khá nặng nề do hạn và xâm nhập mặn từ biển Đông. Riêng năm 2012, theo nhận định của Trung tâm Khí tượng thủy văn Bến Tre, xâm nhập mặn sẽ tăng dần trên các sông chính trong các tháng 2,3,4 và từ tháng 3 đến đầu tháng 5 có khả năng gió chướng sẽ hoạt động mạnh liên tục trong nhiều ngày, kết hợp với triều cường dâng mặn 450/00 có khả năng xâm nhập sâu khoảng 50km tính từ cửa sông. Mặn 10/00 hầu như xâm nhập toàn bộ địa bàn huyện.
Để chủ động ứng phó trong việc phòng, chống hạn và xâm nhập mặn, đảm bảo thực hiện tốt công tác ngăn mặn, trữ ngọt đáp ứng tốt nhu cầu sản xuất, ngay từ đầu mùa khô, Bình Đại đã tiến hành kiểm tra, khảo sát tình hình sản xuất trong các vùng có khả năng bị ảnh hưởng như: Long Hòa, Phú Thuận, Vang Quới Tây, Vang Quới Đông, Phú Vang… Huyện đã tuyên truyền các biện pháp hướng dẫn việc ngăn mặn, dẫn ngọt, trữ ngọt cục bộ cho từng vùng, đồng thời thông báo cho nhân dân việc bố trí thời vụ sản xuất, cây trồng, vật nuôi thích hợp, vận động nhân dân thực hiện tiết kiệm nước ngọt phục vụ sản xuất, hạn chế thấp nhất khả năng bị thiệt hại do hạn, mặn; kiểm tra hướng dẫn các hộ đang sử dụng nước sạch từ các công trình cấp nước, trang bị phương tiện cấp nước, sử dụng tiết kiệm nước, có biện pháp trữ nước sạch đề phòng mặn xâm nhập sâu; thường xuyên theo dõi các bản tin về độ mặn để thông báo tình hình khô hạn và nước mặn xâm nhập sâu vào các cửa sông để nhân dân chủ động dự trữ nước trong sản xuất và sinh hoạt.
Để phát huy tối đa công suất, tác dụng của các công trình thủy lợi đầu mối, huyện tập trung thực hiện nạo vét hệ thống thủy lợi nội đồng, đáp ứng yêu cầu phục vụ sản xuất, với tổng kinh phí 530 triệu đồng, để thi công 7 tuyến kênh đầu mối, có tổng chiều dài 7.900m. Các công trình do cấp trên đầu tư thuộc địa bàn xã nào thì UBND xã đó chịu trách nhiệm triển khai thi công. UBND huyện còn giao nhiệm vụ cho UBND các xã vận động nhân dân thực hiện thủy lợi nội đồng với tổng chiều dài trên 38 ngàn mét, ở các xã: Long Hòa, Long Định, Phú Thuận, Châu Hưng, Thới Lai, Vang Quới Đông, Vang Quới Tây, hoàn thành vào cuối tháng 3-2012.
Ngoài ra, huyện phối hợp với Công ty TNHH Khai thác công trình thủy lợi thường xuyên kiểm tra các công trình, cống đầu mối, trục dẫn các tuyến kênh để xây dựng lịch vận hành công trình cho phù hợp và đồng bộ. Các ngành chức năng của huyện thường xuyên theo dõi, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện thủy lợi nội đồng, nạo vét kênh mương, sửa chữa các cống tạm, gia cố các cống đập tạm nhằm phục vụ tốt cho sinh hoạt và sản xuất.