Quy hoạch bảo vệ môi trường tỉnh Bến Tre từ nay đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020 đã được UBND tỉnh phê duyệt bao gồm 9 chương trình hành động. Quy hoạch này hướng tới mục tiêu:
Nâng cao nhận thức của người dân về bảo vệ môi trường; đến năm 2010 có 80% người dân hiểu về môi trường và đến năm 2020 toàn bộ người dân trong tỉnh có nhận thức đúng về môi trường.
Kiểm soát ô nhiễm nguồn nước mặt; nâng cấp, cải tạo và xây dựng hệ thống thoát nước, xử lý nước thải: đến năm 2010 thu gom, xử lý 100% nước thải đô thị tại các chung cư và khu tái định cư, 80% nước thải tại các khu - cụm công nghiệp; đến năm 2020 thu gom và xử lý 100% nước thải đô thị, 100% nước thải do hoạt động công nghiệp.
Quản lý chất thải rắn, hoàn chỉnh hệ thống thu gom và xử lý chất thải rắn: đến năm 2010 thu gom và xử lý 100% rác thải bệnh viện, 80% rác thải sinh hoạt tại khu vực đô thị, rác thải công nghiệp; đến năm 2020 đảm bảo thu gom và xử lý 90% rác thải đô thị và 95% rác thải do hoạt động tiểu thủ công nghiệp.
Kiểm soát ô nhiễm nguồn nước do các hoạt động chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản: đến năm 2010 kiểm soát được tình hình ô nhiễm môi trường do chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản tại các khu nuôi tập trung. Đến năm 2020 kiểm soát hoàn toàn tình hình ô nhiễm môi trường do chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản, kể cả các khu nuôi tập trung và các hộ gia đình, nhỏ lẻ.
Kiểm soát xâm nhập mặn, hạn chế và giảm nhẹ tác hại của quá trình xâm nhập mặn diễn ra trên địa bàn tỉnh Bến Tre, chủ yếu các huyện ven biển: đến năm 2010 hạn chế và giảm nhẹ tác hại của xâm nhập mặn tại 3 huyện ven biển; đến năm 2020, kiểm soát được tình hình xâm nhập mặn trên địa bàn tỉnh nhằm hạn chế diện tích mặt nước, diện tích đất bị nhiễm mặn.
Cấp nước sạch và cải tạo tình hình vệ sinh môi trường nông thôn, đặc biệt là vùng xâm nhập mặn: đến năm 2010, đảm bảo 85% dân số nông thôn được sử dụng nước sinh hoạt hợp vệ sinh, 70% số hộ gia đình ở nông thôn có nhà tiêu hợp vệ sinh và có chuồng trại hợp vệ sinh; đến năm 2020, đảm bảo 95% dân số nông thôn được sử dụng nước sinh hoạt hợp vệ sinh, 100% số hộ gia đình ở nông thôn có nhà tiêu hợp vệ sinh.
Kiểm soát sạt lở bờ sông: đến năm 2020 kiểm soát hoàn toàn sạt lở bờ sông xảy ra trên địa bàn tỉnh nhằm hạn chế thiệt hại đến người và tài sản.
Kiểm soát làng nghề chỉ xơ dừa: đến năm 2020, thu gom và xử lý 100% lượng chất thải phát sinh do ngành sản xuất chỉ xơ dừa.